No geral somente 21 instituições tiveram nota máxima (5), sendo: 11 instituições públicas = 9 federais e 2 estaduais; 10 instituições privadas. Foram avaliadas pelo MEC mais de 2 mil faculdades, universidades, centros universitários e institutos de educação.
As universidades que se destacaram com as melhores notas no ENADE 2008/2009 foram:
- 469 pontos – Escola Brasileira de Administração Pública e de Empresas
- 468 pontos – Instituto Tecnológico de Aeronáutica
- 461 pontos – Escola Brasileira de Economia e Finanças
- 461 pontos – Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto
- 458 pontos – Escola de Administração de Empresas de São Paulo
- 452 pontos – Faculdade de Odontologia São Leopoldo Mandic
- 440 pontos – Faculdade Ibmec São Paulo
- 439 pontos – Universidade Federal de São Paulo
- 433 pontos – Faculdade de Economia e Finanças IBEMEC
- 428 pontos – Instituto Militar de Engenharia
O Exame Nacional de Desempenho dos Estudantes (ENADE), mais o IDD (índice criado para avaliar o quanto a instituição de ensino agrega ao aluno), servem de ferramenta de análise para o MEC, no final das contas apenas 105 cursos entre 7,3 mil analisados tiveveram nota máxima no CPC-Conceito Preliminar de Curso.
As melhores instituições de ensino, as que mais se destacara na avaliação foram :
-  ITA – Instituto Tecnológico da Aeronáutica
Localizado em São José dos Campos-SP, a instituição obteve 485 pontos do total de 500 e passou a ser o melhor do país, foram três graduações avaliadas pelo MEC e as três conseguiram conceito máximo – 5 (notas vão de 1 a 5).
- IME – Instituto Militar de Engenharia
Com nove cursos avaliados, oito receberam nota 5 e um obteve conceito 4.
- UNESP – Universidade Estadual Paulista
Universidade Pública com 68 cursos avaliados, onde 22 conseguiram nota 5 e ainda teve considerado como melhores cursos do país em matemática, química biologia e letras.
- UFMG – Universidade Federal de Minas Gerais
Obteve o excelente resultado em em 34% dos cursos superiores avaliados, conquistando primeiro lugar nos cursos de ciências sociais e computação.
- PUC-RJ – Pontifícia Universidade Católica
Conquistou conceito mais alto em 34% dos cursos analisados, com primeira colocação em pedagogia, engenharia civil e engenharia de petróleo.
Se tratando de cursos de Engenharia, a cidade do Rio de Janeiro está no topo do ranking no Brasil, pois possui 29 cursos de engenharia muito bem avaliados

Obs.: um curso pode estar Sem Conceito (SC) no “IDD Conceito” por 3 motivos:  (1) menos de 11 ingressantes participantes; (2) menos de 11 concluintes participantes; e (3) nota zero (boicote).
Mais informações
http://g1.globo.com/Noticias/Vestibular/0,,MUL1286971-5604,00-SO+DAS+INSTITUICOES+DE+ENSINO+SUPERIOR+CONSEGUE+NOTA+MAXIMA+EM+AVALIACAO.html
Resultado do ENADE 2005/2006

Engenharia Cartográfica
1º-INSTITUTO MILITAR DE ENGENHARIA 60.82
2º-UNIVERSIDADE FEDERAL DO PARANÁ 49.53
3º-UNIVERSIDADE FEDERAL DO RIO GRANDE DO SUL 48.54
4º-UNIVERSIDADE ESTADUAL JÚLIO DE MESQUITA FILHO 47.35
5º-UNIVERSIDADE DO ESTADO DO RIO DE JANEIRO 44.8

Engenharia Civil
1º-INSTITUTO MILITAR DE ENGENHARIA 71.62
2º-INSTITUTO TECNOLÓGICO DE AERONÁUTICA 64.83
3º-UNIVERSIDADE DE BRASÍLIA 62.44
4º-UNIVERSIDADE FEDERAL DO RIO GRANDE DO SUL 58.55
5º-UNIVERSIDADE FEDERAL DO ESPÍRITO SANTO 57.1

Engenharia de Computação
1º-INSTITUTO TECNOLÓGICO DE AERONÁUTICA 64.32
2º-INSTITUTO MILITAR DE ENGENHARIA 63.33
3º-UNIVERSIDADE FEDERAL DO ESPÍRITO SANTO 56.24
4º-UNIVERSIDADE FEDERAL DO RIO GRANDE DO SUL 56.15
5º-UNIVERSIDADE FEDERAL DO RIO GRANDE 52.9

Engenharia Eletrônica
1º-INSTITUTO MILITAR DE ENGENHARIA 60.72
2º-UNIVERSIDADE FEDERAL DA BAHIA 54.63
3º-CENTRO UNIVERSITÁRIO FEEVALE 54.44
4º-UNIVERSIDADE ESTADUAL DE LONDRINA 50.65
5º-UNIVERSIDA DE TECNOLÓGICA DO PARANÁ 49.2

Engenharia Elétrica
1º-INSTITUTO MILITAR DE ENGENHARIA 59.72
2º-INSTITUTO TECNOLÓGICO DE AERONÁUTICA 58.53
3º-UNIVERSIDADE FEDERAL DE MINAS GERAIS 54.64
4º-UNIVERSIDADE FEDERAL DE SANTA CATARINA 54.05
5º-UNIVERSIDADE FEDERAL DE JUIZ DE FORA 52.9


Engenharia Mecânica
1º-INSTITUTO MILITAR DE ENGENHARIA 75.52
2º-INSTITUTO TECNOLÓGICO DE AERONÁUTICA 72.33
3º-UNIVERSIDADE ESTADUAL JÚLIO DE MESQUITA FILHO 61.94
4º-UNIVERSIDADE FEDERAL DE SANTA CATARINA 61.85
5º-UNIVERSIDADE FEDERAL DE MINAS GERAIS 60.9

Engenharia Metalúrgica
1º-INSTITUTO MILITAR DE ENGENHARIA 70.32
2º-UNIVERSIDADE FEDERAL DO RIO DE JANEIRO 68.63
3º-PONTIFÍCIA UNIVERSIDADE CATÓLICA DO R. DE JANEIRO 65.24
4º-UNIVERSIDADE FEDERAL DE MINAS GERAIS 63.95
5º-UNIVERSIDADE FEDERAL FLUMINENSE 54.8

Engenharia Química
1º-INSTITUTO MILITAR DE ENGENHARIA 65.62
2º-UNIVERSIDADE FEDERAL DO RIO GRANDE DO SUL 55.93
3º-UNIVERSIDADE FEDERAL DE MINAS GERAIS 55.24
4º-UNIVERSIDADE FEDERAL DE SANTA MARIA 54.65
5º-UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO CARLOS 44.3

Engenharia deTelecomunicações
1º-INSTITUTO MILITAR DE ENGENHARIA 63.62
2º-UNIVERSIDADE FEDERAL FLUMINENSE 46.43
3º-UNIVERSIDADE FEDERAL DE CAMPINA GRANDE 43.54
4º-CENTRO UNIVERSITÁRIO DA FUND. SABÓIA DE MEDEIROS 43.55
5º-INSTITUTO DE ENSINO SUPERIOR COC 42.1